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Text File  |  1987-09-17  |  45KB  |  1,164 lines
  1.                    Moleküle 3D Info Version 3.42
  2.  
  3. Auf der Diskette muß der Ordner "MOLEKUEL" mit folgenden  Dateien 
  4. vorhanden sein:
  5.  
  6.  - MOLEKUEL.PRG  (enthält das Programm)
  7.  
  8.  - MOLEKUEL.RSC  (zugehöriges Resourcefile)
  9.  
  10.  - MOLEKUEL.DAT  (enthält das Programmlogo)
  11.  
  12.  - RADIEN.DAT    (enthält Atom-, Ionen- und v.d. Waals-Radien)
  13.  
  14.  - FARBEN.DAT    (enthält eine Grafik für die Farbabstimmung)
  15.  
  16.  - RGB.DAT       (enthält Daten für die Farbabstimmung)
  17.  
  18. Nützlich sind noch die Files:
  19.  
  20.  - DEMO.KOO      (Demo-File für Koordinaten)
  21.  
  22.  - DEMO.BIN      (Demo-File für Bindungen)
  23.  
  24.  - DEMOx.PI2     (Demografik für hohe Auflösung)
  25.  
  26.  - DEMOx.PI1     (Demografik für mittlere Auflösung)
  27.  
  28.  - MOPAC.DKI     (Definition für Input von Koordinaten für MNDO)
  29.  
  30.  - MOPAC.DZO     (Definition für Output der Z-Matrix für MNDO)
  31.  
  32.  - INFO.DOC      (Dieses Info als 1ST-Word-File)
  33.  
  34.  - INFO.ASC      (Dieses Info als Text-File)
  35.  
  36.  
  37. Für  die  Darstellung der Moleküle sind  zweierlei  Informationen 
  38. notwendig:
  39.  
  40.  - Atomsymbol und X,Y und Z-Koordinaten
  41.  
  42.  - Verbindungsliste der Atome
  43.  
  44. Es können bis zu 256 Atomkoordinaten und 256 Bindungen  definiert 
  45. werden. Die Anzahl der Bilder für eine Bildfolge hängt vom freien 
  46. Speicher  ab.  Der vorhandene Speicher wird vom Programm  festge-
  47. stellt  und die daraus resultierende maximale Anzahl  an  Bildern 
  48. ermittelt.  Pro  Bild werden ca.  19 kB RAM benötigt.  Bei  einem 
  49. Speicher  von 1 MB mit TOS im ROM können etwa 30 Bilder  abgelegt 
  50. werden.
  51.  
  52. Das  Programm arbeitet in der hohen und mittleren  Auflösung  und 
  53. ist auf allen ST's (260,  520,  1040 und MEGA ST) mit TOS im  ROM 
  54. lauffähig!
  55.  
  56. Inhaltsverzeichnis:
  57.  
  58. 0        Programmstart
  59.  
  60.   0.1      Allgemeines
  61.   0.2      Kurzanleitung
  62.     
  63. 1        Daten
  64.  
  65.   1.1      Koordinaten editieren
  66.   1.2      Bindungen editieren
  67.   1.3      Koordinaten/Bindungen speichern
  68.   1.4      Koordinaten/Bindungen laden
  69.   1.5      Koordinaten/Bindungen löschen
  70.   1.6      Koordinaten/Bindungen mischen
  71.   1.7      Bindungen generieren
  72.   1.8      Radien editieren
  73.   1.9      Radien speichern
  74.   1.10     Zum Desktop
  75.  
  76. 2        Z-Matrix
  77.  
  78.   2.1      Z-Matrix editieren
  79.   2.2      Z-Matrix laden
  80.   2.3      Z-Matrix mischen
  81.   2.4      Z-Matrix speichern
  82.   2.5      Z-Matrix drucken
  83.   2.6      Koordinaten berechnen
  84.  
  85. 3        Input/Output
  86.  
  87.   3.1      Koordinaten Input
  88.  
  89.     3.1.1    Definition des Inputs
  90.     3.1.2    Koordinaten Input durchführen
  91.     3.1.3    MOPAC-Daten laden
  92.  
  93.   3.2      Z-Matrix Input/Output
  94.  
  95.     3.2.1    Definition des Inputs/Outputs
  96.     3.2.2    Input/Output durchführen
  97.     3.2.3    Input/Output der Z-Matrix für MOPAC
  98.  
  99.   3.3      Daten in kartesische Koordinaten umwandeln
  100.  
  101.   3.4      Molekül-Editor laden/starten (noch nicht implementiert)
  102.  
  103. 4        Grafik
  104.  
  105.   4.1      Berechnen
  106.   4.2      Zeigen
  107.   4.3      Invertieren
  108.   4.4      Hardcopy
  109.   4.5      Bildformat festlegen
  110.   4.6      Laden
  111.   4.7      Speichern
  112.   4.8      Parameter drucken
  113.   4.9      Hintergrund laden
  114.   4.10     Hintergrund löschen
  115.  
  116. 5        Farben
  117.  
  118.   5.1      RGB-Werte einstellen
  119.   5.2      RGB-Werte laden/speichern
  120.  
  121. 6        Extras
  122.  
  123.   6.1      Datei löschen
  124.   6.2      Neuen Ordner anlegen
  125.   6.3      ASCII-Datei anzeigen
  126.   6.4      Uhrzeit/Datum anzeigen
  127.   6.5      Uhrzeit/Datum einstellen
  128.   6.6      Bildschirm restaurieren
  129.  
  130. 7        Menue 2/Grafik berechnen
  131.  
  132.   7.1      Parameterdialogbox
  133.   
  134.     7.1.1    Rotation
  135.  
  136.       7.1.1.1  Rotation um Ursprungs/aktuelle Achse
  137.       7.1.1.2  Rotation um X-, Y- oder Z-Achse
  138.  
  139.     7.1.2    Projektion
  140.  
  141.     7.1.3    Radius
  142.  
  143.       7.1.3.1  Stick and Ball
  144.       7.1.3.2  Kugeln
  145.  
  146.     7.1.4    Zeichne
  147.  
  148.       7.1.4.1  Bindungen
  149.       7.1,4.2  Achsen
  150.       7.1.4.3  Atomsymbol
  151.       7.1.4.4  Atomnummer
  152.  
  153.     7.1.5    Bilder
  154.  
  155.       7.1.5.1  Einzelbild/Bildfolge
  156.       7.1.5.2  Bildgröße
  157.       7.1.5.3  Farbiges Stereobild
  158.  
  159.     7.1.6    Maßstab
  160.  
  161.     7.1.7    Modus
  162.  
  163.   7.2      Ausschnitt speichern
  164.  
  165.   7.3      Einstellung der numerischen Parameter
  166.  
  167.     7.3.1    Bilder
  168.     7.3.2    Drehwinkel
  169.     7.3.3    Drehung um X/Y
  170.     7.3.4    Verschiebe in X/Y
  171.     7.3.5    Atom in Koordinatenursprung
  172.     7.3.6    Größe in Pixeln
  173.     7.3.7    Abstand
  174.     7.3.8    Einheit
  175.     7.3.9    Stereobild Differenz
  176.     7.3.10   Zeige Bild
  177.     7.3.11   Geschwindigkeit
  178.     7.3.12   Start
  179.     7.3.13   Zum Menue 1
  180.  
  181. 8        Fehler im Programm
  182.  
  183. 0        Programmstart
  184.  
  185. 0.1      Allgemeines
  186.  
  187. Nach  dem Öffnen des Ordners "MOLEKUEL" wird das  Programm  durch 
  188. Doppelklick  auf "MOLEKUEL.PRG" gestartet.  Sollten vom  Programm 
  189. benötigte  Programmteile nicht im Ordner vorhanden  sein,  bricht 
  190. das  Programm mit einer entsprechenden Meldung ab und  kehrt  zum 
  191. Desktop  zurück.  Im anderen Fall erhält man nach  Drücken  einer 
  192. Maustaste eine Menuezeile, auf die wie gewohnt zugegriffen werden 
  193. kann. Im unteren Teil des Bildschirms befinden sich Informationen 
  194. über  im  Speicher befindliche Daten.  Außerdem  wird  der  freie 
  195. Speicher auf der Diskette im Arbeitslaufwerk angezeigt.  Arbeits-
  196. laufwerk ist zunächst das Laufwerk,  von dem das Programm gestar-
  197. tet worden ist.  Soll das Arbeitslaufwerk gewechselt werden, kann 
  198. dies  durch  Anklicken  der Pfeile  links  bzw.  rechts  von  der 
  199. Laufwerksbezeichnung  geschehen.  Grundsätzlich sind -  zumindest 
  200. für  das Betriebssystem des Rechners - die Laufwerke  A:  und  B: 
  201. vorhanden.  Wird bei nur einem tatsächlich angeschlossenem  Lauf-
  202. werk B:  angewählt,  fordert das System zum Wechsel der  Diskette 
  203. auf.  Auf alle anderen Laufwerke (RAM-Disk,  Hard-Disk etc.) kann 
  204. dagegen nur zugegriffen werden,  wenn diese auch angemeldet sind. 
  205. Die  Angabe über den freien Speicher auf einer Diskette wird  nur 
  206. dann automatisch aktualisiert,  wenn ein schreibender  Disketten-
  207. zugriff  stattgefunden  hat.  Eine  Aktualisierung,  z.  B.  nach 
  208. Diskettenwechsel,  kann  durch  Anklicken auf  das  Feld  "Freier 
  209. Speicher" erzwungen werden. Die Angabe über die RAM-Belegung wird 
  210. nur aktualisiert, wenn das entsprechende Feld angeklickt wird.
  211.  
  212. 0.2      Kurzanleitung
  213.  
  214. Wählen  Sie  zunächst den Menuepunkt "DATEN" und dort  den  Punkt 
  215. "KOORDINATEN  LADEN"  an.  In der Fileselectbox  nun  den  Ordner 
  216. "MOLEKUEL"  durch  Anklicken  öffnen  und  die  Datei  "DEMO.KOO" 
  217. anwählen.  Ist  der Ladevorgang beendet,  erneut  den  Menuepunkt 
  218. "DATEN"  und  dort  den Punkt  "BINDUNGEN  LADEN"  anwählen.  Als 
  219. Default  ist  jetzt die Datei  "DEMO.BIN"  vorgegeben,  die  nach 
  220. Anklicken  des  "OK"-Feldes oder durch Drücken  der  RETURN-Taste 
  221. geladen  wird.  Jetzt  kann der Menuepunkt "GRAFIK  -  BERECHNEN" 
  222. angewählt werden.  Klickt man nun des Feld "START" an,  wird  das 
  223. Molekül dargestellt. 
  224.  
  225. 1        Daten
  226.  
  227. 1.1      Koordinaten editieren
  228.  
  229. Die  Eingabe  der Koordinaten erfolgt nach Anklicken  des  Menue-
  230. punkts  "KOORDINATEN  EDITIEREN".  Man gelangt dadurch  in  einen 
  231. Editor, der die Dateneingabe ermöglicht. In der Spalte "Art" kann 
  232. das Atomsymbol eingegeben werden,  in den Spalten X,  Y und Z die 
  233. Koordinaten.  Zur  Eingabe  bewegt  man den  Mauszeiger  auf  die 
  234. gewünschte Spalte und Zeile und drückt dann die linke  Maustaste. 
  235. Der Mauszeiger verschwindet und die Eingabe kann  erfolgen.  Wird 
  236. sie  mit "RETURN" beendet,  springt die Eingabemarke  eine  Zeile 
  237. nach  unten  und ermöglicht die nächste Eingabe.  Mit  der  Taste 
  238. "Undo" kann der Inhalt des Feldes gelöscht werden. Mit den Tasten 
  239. Cursor  rechts  und Cursor links kann man sich im  Feld  bewegen, 
  240. ohne dies zu verändern.  Mit "Insert" kann ein Zeichen eingefügt, 
  241. mit  "Backspace"  dagegen gelöscht werden.  Mit der  Cursor  nach 
  242. unten   Taste kann das nächste,  rechts vom Cursor liegende  Feld 
  243. erreicht werden.  Mit Cursor nach oben erreicht man das links vom 
  244. Cursor liegende Feld.  Soll dieser Vorgang beendet werden, so ist 
  245. die "ESC"-Taste zu drücken.  Der Mauszeiger wird wieder  sichtbar 
  246. und  man kann nun ein anderes Feld auf dem Bildschirm  anklicken. 
  247. Die  Pfeile nach oben bzw.  nach unten bewirken ein Scrolling  in 
  248. die angegebene Richtung. Der einzelne Pfeil bewirkt ein Scrolling 
  249. um  eine  Zeile,  der  Doppelpfeil um 15  Zeilen.  In  der  Zeile 
  250. "Molekül"  kann  der Name des Moleküls  eingetragen  werden.  Die 
  251. Anzahl  der Atome kann durch Anklicken des entsprechenden  Feldes 
  252. verändert werden.  Über des Feld "Menue" kommt man zum Hauptmenue 
  253. zurück.
  254.  
  255. 1.2      Bindungen editieren
  256.  
  257. Dieser  Menuepunkt  ermöglicht  die  Eingabe  bzw.  Änderung  der 
  258. Bindungsliste.  Die Eingabe erfolgt analog wie unter "Koordinaten 
  259. editieren" beschrieben.  Nach der Eingabe eines Atom-Paares  wird 
  260. angezeigt,  um was für eine Bindung es sich handelt  (z.B.  C-C). 
  261. Außerdem wird die Bindungslänge berechnet und ausgegeben. Man hat 
  262. somit die Möglichkeit,  seine Eingabe auf Richtigkeit zu überprü-
  263. fen  und  ggf.  eine zu lange oder zu kurze  Bindung  zu  finden. 
  264. Außerdem  wird  überprüft,  ob die  angegebenen  Atome  überhaupt 
  265. vorhanden sind.  Sollten z.B.  37 Atomkoordinaten definiert  sein 
  266. und  man gibt eine Bindung zwischen Atom 34 und 38  an,  so  wird 
  267. dies  als  Bindung  zwischen "34 + 0"  angezeigt.  Es  ist  daher 
  268. notwendig,  vor der Eingabe der Bindungen die Atomkoordinaten  zu 
  269. laden oder einzugeben.
  270.  
  271. 1.3      Koordinaten/Bindungen speichern
  272.  
  273. Nach erfolgter Eingabe sollten die Daten gespeichert werden. Dazu 
  274. sind  die Punkte "KOORDINATEN SPEICHERN"  bzw.  "BINDUNGEN  SPEI-
  275. CHERN" anzuwählen.  Für die Koordinaten sollte der Dateiname  mit 
  276. dem Bezeichner ".KOO" bzw.  für die Bindungen mit dem  Bezeichner 
  277. ".BIN" enden.
  278.  
  279. 1.4      Koordinaten/Bindungen laden
  280.  
  281. Hierzu sind die Punkte "KOORDINATEN LADEN" bzw. "BINDUNGEN LADEN" 
  282. anzuwählen.  Für  die  Koordinaten  ist  der  Dateiname  mit  dem 
  283. Bezeichner  ".KOO"  bzw.  für die Bindungen  mit  dem  Bezeichner 
  284. ".BIN" voreingestellt.
  285.  
  286. 1.5      Koordinaten/Bindungen löschen
  287.  
  288. Durch Anwahl dieses Punktes werden alle Koordinaten und Bindungen 
  289. im Speicher gelöscht.
  290.  
  291. 1.6      Koordinaten/Bindungen mischen
  292.  
  293. Dieser  Menuepunkt führt zur Vereinigung zweier  Dateien.  Sollen 
  294. zum   Beispiel  zwei  Moleküle  miteinander  auf  dem  Bildschirm 
  295. verglichen  werden,  so kann man dies  folgendermaßen  erreichen: 
  296. zuerst werden die Koordinaten und danach die Bindungen des ersten 
  297. Moleküls  mit  "Koordinaten laden" und "Bindungen Laden"  in  den 
  298. Speicher  gebracht.  Danach  werden die Koordinaten  des  zweiten 
  299. Moleküls  mit  "Koordinaten mischen" geladen.  Dadurch  wird  die 
  300. zweite  Atomliste an die erste angehängt.  Abschließend wird  die 
  301. zweite Bindungsliste mit "Bindungen mischen" geladen.  Es  können 
  302. soviele  Moleküle "gemischt" werden wie Speicherplätze  vorhanden 
  303. sind (Maximalwerte siehe oben).  Es ist aber unbedingt darauf  zu 
  304. achten,   daß   immer  wechselweise  Koordinaten  und   Bindungen 
  305. "gemischt" werden!  Ein Anhängen einer Bindungsliste nach Mischen 
  306. einer Z-Matrix ist nicht möglich! 
  307.  
  308. 1.7      Bindungen generieren
  309.  
  310. Sofern Koordinaten nebst zugehörigen Atomsymbolen vorhanden sind, 
  311. können  die  Bindungen  generiert  werden.   Eine  Bindung   wird 
  312. angenommen,  wenn  die  Summe  der Atomradien  etwa  dem  Abstand 
  313. der beiden Atome entspricht.  Sollten unsinnige Bindungen gezogen 
  314. worden sein, so können diese unter "Bindungen editieren" gelöscht 
  315. werden. Fehlende Bindungen können dort auch ergänzt werden.
  316.  
  317. 1.8      Radien editieren
  318.  
  319. Man   gelangt   in  einen  Editor   (Beschreibung   siehe   unter 
  320. "KOORDINATEN EDITIEREN"),  der es erlaubt,  die vorhandene  Liste 
  321. der Radien zu erweitern bzw. zu verändern. Das Elementsymbol "CA" 
  322. steht  für  Kohlenstoff in aromatischen Ringen.  "CM"  steht  für 
  323. Kohlenstoff in Methyl- bzw. Methylengruppen. Diese Unterscheidung 
  324. ist nur bei van der Waals-Radien von Bedeutung.  Alle Radien sind 
  325. in Einheiten des Koordinatensystems anzugeben (i. A. Angström).
  326.  
  327. 1.9      Radien speichern
  328.  
  329. Zum Speichern muß sich die Diskette mit dem Ordner "MOLEKUEL"  im 
  330. Arbeitslaufwerk  befinden,  da die Speicherung immer in das  File 
  331. "RADIEN.DAT" im Ordner "MOLEKUEL" erfolgt.  Ist der Ordner  nicht 
  332. vorhanden,  so wird Fehler Nummer -34 (Pfadname nicht  gefunden!) 
  333. ausgegeben.  Diese Datei wird automatisch vom Programm zu  Beginn 
  334. geladen,  da  sie alle notwendigen Daten für die Darstellung  der 
  335. Radien  enthält.  Entsprechend sorgfältig sollte diese Datei  ge-
  336. pflegt werden!
  337.  
  338. 1.10     Zum Desktop
  339.  
  340. Beendet  das Programm und kehrt zum Desktop  zurück.  Sind  Daten 
  341. editiert aber noch nicht abgespeichert worden,  so erscheint eine 
  342. entsprechende Warnung.
  343.  
  344. 2        Z_Matrix
  345.  
  346. Die Z-Matrix ermöglicht eine vereinfachte Eingabe der  Geometrie. 
  347. Diese Routine entstammt aus dem MNDO-Programm von M.J.S. Dewar in 
  348. der MOPAC-Version 2.0 (QCPE 464).
  349. Für jedes Atom sind sieben Werte anzugeben.  Der erste Wert  gibt 
  350. die Ordnungszahl des betrachteten Atoms I an.  Der zweite  dieser 
  351. Werte  gibt den Abstand des Atoms I zu einem bereits  definierten 
  352. Atom NA an.  Der dritte gibt den Winkel an,  den das  betrachtete 
  353. Atom I mit zwei bereits definierten Atomen NA und NB bildet.  Der 
  354. vierte Wert definiert den Winkel,  um den das bereits  definierte 
  355. Atom NC im Uhrzeigersinn um die Achse gedreht werden muß, die von 
  356. zwei definierten Atomen NA und NB festgelegt wird.  Dabei  blickt 
  357. man von NB in Richtung NA und dreht Atom NC.  Die Werte fünf  bis 
  358. sieben legen jeweils die Atome NA, NB und NC fest. Für die ersten 
  359. drei Atome gilt folgende Regelung:  das erste Atom liegt immer im 
  360. Koordinatenursprung. Atom zwei liegt auf dem positiven Ast der X-
  361. Achse. Atom drei liegt in der X-Y-Ebene.
  362.  
  363. Ein Beispiel zur Verdeutlichung:  die Geometrie des Ethylens soll 
  364. definiert werden. Hierbei liegen alle sechs Atome in einer Ebene.
  365.  
  366.  
  367.  
  368.                 H(4)                     H(3)
  369.                     .                  .   
  370.                      .                .             
  371.                        C(1) ==== C(2)   
  372.                      .                .
  373.                     .                  .
  374.                 H(5)                     H(6)
  375.  
  376.  
  377.  
  378. Atom     OZ   Abstand  Bindungswinkel Flächenwinkel
  379.   I            NA-I        NB-NA-I     NC-NB-NA-I    NA   NB   NC 
  380.  
  381.   1       6    0.000        0.000         0.000       0    0    0
  382.   2       6    1.340        0.000         0.000       1    0    0
  383.   3       1    1.090      121.200         0.000       2    1    0
  384.   4       1    1.090      121.200         0.000       1    2    3
  385.   5       1    1.090      121.200       180.000       1    2    3    
  386.   6       1    1.090      121.200         0.000       2    1    5
  387.  
  388. Atom 1 stellt ein Kohlenstoffatom dar  (OZ=Ordnungszahl=6).  Alle 
  389. übrigen sechs Werte des ersten Atoms müssen den Wert 0 haben.
  390. Atom  2 ist wiederum ein Kohlenstoff,  das von Atom 1  (=NA)  den 
  391. Abstand  von  1.34 Angström hat.  Die weiteren  vier  Werte  sind 
  392. wiederum 0.
  393. Atom  3 ist ein Wasserstoff.  Es hat von Atom 2 (NA) den  Abstand 
  394. von  1.09 Angström  und bildet mit den Atomen 1 (NB) und  2  (NA) 
  395. einen  Winkel von 121.2 Grad.  Die beiden übrigen Werte müssen  0 
  396. sein.
  397. Atom  4 ist wiederum ein Wasserstoff.  Es ist 1.09  Angström  von 
  398. Atom 1 entfernt und bildet mit den Atomen 1 (NA) und 2 (NB) einen 
  399. Winkel von 121.2 Grad. Blickt man nun von Atom 2 (NB) in Richtung 
  400. Atom  1 (NA),  so muß man Atom 3 (NC) um einen Winkel von 0  Grad 
  401. drehen, um den Wasserstoff I zu erreichen.
  402. Atom 5 ist ebenfalls ein Wasserstoffatom.  Es ist 1.09 A von Atom 
  403. 1  entfernt  und bildet mit den Atomen 2 und 1 einen  Winkel  von 
  404. 121.2  Grad.  Blickt man nun von Atom 2 nach Atom 1,  so muß  man 
  405. Atom  3  um  180  Grad im Uhrzeigersinn  drehen,  um  Atom  5  zu 
  406. erreichen.
  407. Atom 6 schließlich ist ebenfalls ein Wasserstoff.  Es ist 1.09  A 
  408. von  Atom  2  entfernt und bildet mit den Atomen 2  und  1  einen 
  409. Winkel von 121.2 Grad.  Man erreicht es,  wenn man von Atom 1  in 
  410. Richtung  Atom  2  blickt  und  Atom  5  um  0  Grad  dreht.
  411.  
  412. Bei Ringstrukturen ist es nicht sinnvoll, sich von einem Ringatom 
  413. zum nächsten zu "hangeln". Es gibt die Möglichkeit, "Dummy-Atome" 
  414. zu  definieren,  die  der Vereinfachung  dienen.  Solche  "Atome" 
  415. werden  durch die Ordnungszahl 99 gekennzeichnet und  werden  bei 
  416. der grafischen Darstellung nicht berücksichtigt.  Dazu  folgendes 
  417. Beispiel:
  418.                                
  419.                         C(4)
  420.                    .        .
  421.               .                 .
  422.             C(5)                   C(3)
  423.             .                      .
  424.             .                      .
  425.             .                      .
  426.             .                      .
  427.             C(6)                   C(2)
  428.               .                  .
  429.                    .         .
  430.                         C(1)
  431.   
  432.  
  433. Es ist wenig sinnvoll,  sich von Atom C(1) entlang des Ringes bis 
  434. nach C(6) vorzutasten. Besser ist es, im folgenden Beispiel:
  435.  
  436.                         C(10)
  437.                    .    .    .
  438.               .         .        .
  439.             C(9)........99(7).......C(8)
  440.             .           .          .
  441.             .           .          .
  442.             .           .          .
  443.             .           .          .
  444.             C(5)........99(4).......C(6)
  445.               .         .        .
  446.                    .    .     .
  447.                       .    .
  448.             99(2).......C(1)
  449.             .
  450.             .
  451.             99(3)
  452.  
  453.           
  454. Man  nutzt die Symmetrie des Moleküls bei der Definition aus  und 
  455. braucht dann nur noch die Flächenwinkel zu  vertauschen.  Wichtig 
  456. dabei  ist,  daß  man nicht drei Atome,  die  auf  einer  Geraden 
  457. liegen, benutzt, um ein Atom zu definieren. C(10) kann z.B. nicht 
  458. durch die Atome 1, 4 und 7 definiert werden.
  459. Wenn  man Strukturelemente aufbaut,  um diese an andere  Moleküle 
  460. anzuhängen,  sollte  das  erste Atom ein  Kohlenstoff  sein.  Die 
  461. nächsten beiden sollten Dummy-Atome sein,  Man hat dann gewisser-
  462. maßen  einen  Hebel,  den  man benutzen kann,  um  den  Rest  des 
  463. Moleküls um eine Bindung zu drehen (s. Beispiel oben).
  464. Weitere  kommentierte  Beispiele  findet man in  "A  Handbook  of 
  465. computational Chemistry", Tim Clark, Wiley Interscience, 1985.
  466.  
  467. 2.1      Z-Matrix editieren
  468.  
  469. Hat man die Matrix eingegeben oder geladen, so braucht der Editor 
  470. zur  Berechnung der Koordinaten nicht extra verlassen zu  werden. 
  471. Durch  Drücken  der  rechten Maustaste wird  die  Berechnung  der 
  472. Koordinaten gestartet.  Werden die Felder rechts von den  Spalten 
  473. für Bindungswinkel bzw.  Diederwinkel angeklickt, so können diese 
  474. Werte in der anschließenden Darstellung inkrementiert werden. Man 
  475. kann dies ausnutzen,  um z. B. eine Rotation eines Restes um eine 
  476. Bindung  darzustellen.  (Z.  B.  die  Matrix  "DEMO2.ZMX"  laden, 
  477. Koordinaten  errechnen  lassen,  Diederwinkel  21  und  29  durch 
  478. Anklicken markieren,  Bindungen laden,  "Grafik berechnen" anwäh-
  479. len,  unter Parameter "Bildfolge" und "Winkel" anklicken und  die 
  480. Berechnung starten.  Die Phenylreste rotieren nun um die  Bindun-
  481. gen.)
  482.  
  483. 2.2      Z-Matrix laden
  484.  
  485. Eine  gespeicherte Z-Matrix kann wieder  eingeladen  werden.  Als 
  486. Bezeichner ist ".ZMX" voreingestellt.
  487.  
  488. 2.3      Z-Matrix mischen
  489.  
  490. Dieser  Menue-Punkt kann erst angewählt werden,  wenn  mindestens 
  491. vier  Atome der Z-Matrix definiert sind.   Beim Mischen wird  ein 
  492. vorhandenes  Atom durch das erste Atom der zu  ladenden  Molekül-
  493. gruppe  ersetzt.  Die  übrigen Atome werden in der  Liste  hinten 
  494. angehängt.
  495.  
  496. Beispiel:  20 Atome sind bereits definiert.  Atom 9 soll  ersetzt 
  497. werden. Die neue Molekülgruppe besteht aus 7 Atomen:
  498.  
  499. Atom     OZ   Abstand  Bindungswinkel Flächenwinkel
  500.   I            NA-I        NB-NA-I     NC-NB-NA-I   NA   NB   NC 
  501.  
  502.   1      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  503.   .
  504.   .
  505.   9      ..    (AB)          ....         ....      ..   ..   ..
  506.   .
  507.   . 
  508.  20      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  509.  21      ..    ....          (W1)         (W2)      ..  (N1) (N2)
  510.  22      ..    ....          ....         (W3)      ..   ..  (N3)
  511.  23      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  512.  24      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  513.  25      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  514.  26      ..    ....          ....         ....      ..   ..   ..
  515.  
  516.  
  517.  
  518. Die   Werte,   die  als  Punkte  dargestellt  sind  (..)   werden 
  519. übernommen.  Die Werte für W1,  W2 und W3 bzw.  für N1, N2 und N3 
  520. müssen  von Hand ersetzt werden oder können vom Programm  gesucht 
  521. werden.  Folgende  Parameter sind außerdem über die Dialogbox  zu 
  522. definieren:
  523.  
  524. 2.3.1    Ersetzende Atom
  525.  
  526. Hier  wird  die Nummer des Atoms,  welches ersetzt  werden  soll, 
  527. festgelegt.   Ist  das  angegebene Atom  nicht  vorhanden,   wird 
  528. die Box erneut aufgebaut.
  529.  
  530. 2.3.2    Abstand zum Bezugsatom
  531.  
  532. Hier kann die neue Bindungslänge (AB) angegeben werden. Wird hier 
  533. der Wert Null eingesetzt, wird die Bindungslänge des zu ersetzen-
  534. den Atoms übernommen.
  535.  
  536. 2.3.3    Mindestabstand
  537.  
  538. Da die ersten Werte der Z-Matrix Null sind (s.  o.), ist zunächst 
  539. die Verknüpfungsvorschrift undefiniert.  Daher wird vom  Programm 
  540. eine mögliche Geometrie gesucht.  Dazu werden die  entsprechenden 
  541. Werte  (ein  Bindungswinkel W1,  zwei Flächenwinkel  W2  und  W3) 
  542. solange inkrementiert,  bis der gewählte Mindestabstand  zwischen 
  543. den Atomen nicht mehr unterschritten wird.  Die Suche kann  durch 
  544. längeres Drücken der rechten Maustaste abgebrochen werden.   Dies 
  545. sollte  nicht   nicht geschehen,  bevor die  Meldung  "Summe  der 
  546. Bindungslängen ...." erscheint. 
  547.  
  548. 2.3.4    Zeige gefundene Geometrie
  549.  
  550. Eine gefundende Geometrie wird automatisch angezeigt.  Klickt man 
  551. mit  der  linken  Maustaste auf "Zum Menue  1",  wird  die  Suche 
  552. fortgesetzt. Verwendet man dagegen die rechte Maustaste, wird die 
  553. Suche abgebrochen.
  554.  
  555. 2.3.5    Summe Bindungswinkel
  556.  
  557. Legt fest,  ob jede gefundene Geometrie, die die Mindestabstands-
  558. bedingung erfüllt,  angezeigt wird.  Anderenfalls werden nur  die 
  559. Geometrien  angezeigt,  bei  denen  die  Summe  der  Atomabstände 
  560. jeweils größer ist als die vorhergehende.
  561.  
  562. 2.3.6    Drehwinkel für Abstandstest
  563.  
  564. Dieser Winkel legt fest,  um wieviel Grad die oben genannten drei 
  565. Winkel inkrementiert werden.  Dabei laufen zwei Winkel von 0  bis 
  566. 360 Grad, einer vom Drehwinkel bis 360 Grad. Bei einem Winkel von 
  567. 90  Grad  muß  die Z-Matrix 5*5*4 =  100  mal  berechnet  werden. 
  568. Anschließend  müssen noch  alle Abstände der Atome  untereinander  
  569. überprüft  werden.  Bei großen Matrizen führen kleine  Inkrement-
  570. werte  zu recht langen Rechenzeiten!
  571. Es ist nicht zu empfehlen,  durch bloße Rumprobiererei  versuchen 
  572. zu wollen,  halbwegs sinnvolle Strukturen zu finden.  Man  sollte 
  573. sich  die  Geometrie  besser  vorher  aufzeichnen  und  die  noch 
  574. fehlenden sechs Parameter von Hand festlegen.  I.  A.  hat man am 
  575. Anfang Schwierigkeiten bei der Wahl des Diederwinkels.  Man  kann 
  576. sich hier wie folgt helfen: den Winkel durch Klicken auf dem Feld 
  577. rechts  vom Zahlenwert markieren,  Koordinaten berechnen  lassen, 
  578. Bindungen   generieren,   "Grafik  berechnen"   anwählen.   Unter 
  579. "Parameter"  "Bildfolge"  und "Winkel" selektieren und  dann  das 
  580. Molekül darstellen lassen. Der neu eingeführte Rest sollte nun um 
  581. die  Bindungsachse  rotieren.   Die  Rotation  mit  der   rechten 
  582. Maustaste stoppen und mit "Zeige Bild" die Geometrie suchen,  die 
  583. Sinn ergibt. Der zugehörige Diederwinkel beträgt dann:
  584.  
  585.      Zeige Bild Nr * Drehwinkel/Bild + Diederwinkel der Z-Matrix
  586.  
  587. Sollte  der  Wert  größer als 360 sein,  ist 360  vom  Winkel  zu 
  588. subtrahieren.
  589.  
  590. 2.4      Z-Matrix speichern
  591.  
  592. Nach Eingabe sollte die Matrix gespeichert werden. Als Bezeichner 
  593. sollte ".ZMX" verwendet werden.
  594.  
  595. 2.5      Z-Matrix drucken
  596.  
  597. Wer eine erstellte Z-Matrix als Eingabevorlage für eine  Rechnung 
  598. auf  einem anderen Computer benötigt und keine  Möglichkeit  hat, 
  599. die  Daten über die RS-232-C  Schnittstelle  auszutauschen,  kann 
  600. sich die Daten mit diesem Menuepunkt ausdrucken lassen.
  601.  
  602. 2.6      Koordinaten berechnen
  603.  
  604. Aus einer vorhandenen Z-Matrix werden die kartesischen  Atomkoor-
  605. dinaten  errechnet.  Die  errechneten Koordinaten werden  in  die 
  606. Koordinatenliste  übernommen und können anschließend wie  gewohnt 
  607. editiert werden.  Bei der Berechnung wird auch überprüft,  ob die 
  608. Atome korrekt definiert worden sind. Die Fehlermeldung "Geometrie 
  609. falsch  definiert"  tritt  dann auf,  wenn  auf  ein  Atom  Bezug 
  610. genommen  wird,  welches noch nicht definiert  worden  ist.  Eine 
  611. weitere Fehlermeldung wird ausgegeben,  wenn drei Atome,  die auf 
  612. oder nahezu auf einer Geraden liegen,  zur Definition eines Atoms 
  613. benutzt werden. Eine Warnung erscheint, wenn der Abstand zwischen 
  614. zwei Atomen kleiner als 0.8 Angström ist.    
  615.  
  616. 3        Input/Output
  617.  
  618. 3.1      Koordinaten Input
  619.  
  620. Da  die  Atomkoordinaten i.A.  aus  Rechnungen  von  Großrechnern 
  621. stammen,  sollte man,  falls die Möglichkeit besteht,  die  Daten 
  622. zwischen Großrechner und dem Atari ST über die RS-232-C  Schnitt-
  623. stelle  austauschen,  um sich das fehlerträchtige  Eintippen  der 
  624. Koordinaten  zu  ersparen.  Für  gängige  Rechenverfahren  werden 
  625. fertige  Einleseroutinen zur Verfügung gestellt.  Weitere  können 
  626. selbst erstellt werden.
  627.  
  628. 3.1.1    Definition des Inputs
  629.  
  630. Die  Definition eigener Einlesevorschriften für  die  Koordinaten 
  631. ist  dann möglich,  wenn jeweils pro Atom die Informationen  über 
  632. das Atom und die Koordinaten in einer Zeile untergebracht  werden 
  633. können.  Hierzu ist ein Editor zu verwenden,  der es  ermöglicht, 
  634. Texte im ASCII-Format abzuspeichern.  Dies ist z.B.  mit 1st-Word 
  635. (Plus) möglich,  wenn man den WP-Mode abschaltet.  Die Datei, die 
  636. die Einlesevorschrift enthält,  sollte unter einem Dateinamen mit 
  637. der Endung ".DKI" (für "Definition Koordinaten Input")  abgespei-
  638. chert werden.
  639.  
  640. Jede  Zeile muß mit zwei Schrägstrichen "//"  beginnen.  Für  die 
  641. Definition  sind  verschiedene  Schlüsselwörter  vorgesehen,  die 
  642. jeweils  in einer neuen Zeile in den Spalten 3-6  stehen  müssen. 
  643. Dem  Schlüsselwort muß ein  Gleichheitszeichen  folgen.  Folgende 
  644. Worte werden als gültig erkannt:
  645.  
  646.    FILE=    NAME=    KOMM=    DATA=    ENDE=  
  647.  
  648. "FILE=" legt fest, wie die Endung des Dateinamens lautet, die bei 
  649. der Durchführung des Inputs verwendet werden soll.  Die Länge muß 
  650. drei Zeichen betragen. Beispiele:
  651.  
  652. //FILE=MND            (für MNDO-Dateien)
  653. //FILE=G80            (für Gauss-80 Dateien)
  654.  
  655. "NAME="  legt  fest,  ob  die  erste  Zeile  des  Datenfiles  als 
  656. Molekülname übernommen werden soll oder nicht.
  657.  
  658. //NAME=0              (erste Zeile=Daten oder Kommentar)
  659. //NAME=1              (erste Zeile=Molekülname)
  660.  
  661. "KOMM=" legt fest, ob Zeilen als Kommentarzeilen überlesen werden 
  662. sollen.
  663.  
  664. //KOMM=C              (Alle Zeilen,  die mit "C" beginnen, werden
  665.                       überlesen.)
  666.  
  667. "DATA=" legt fest,  wie die Daten in einer Zeile aufgebaut  sind. 
  668. Dabei steht "S" für das Atomsymbol bzw.  für die Ordnungszahl. X, 
  669. Y und Z stehen für die entsprechenden Koordinaten. Beispiel:
  670.  
  671. //DATA= SS  XXXXXXXXXX   YYYYYYYYYY   ZZZZZZZZZZ
  672.  
  673. In diesem Beispiel befindet sich das Atomsymbol in den Spalten  2 
  674. und 3,  der X-Wert in den Spalten 6-15, der Y-W ert in den Spalten 
  675. 19-28 und der Z-Wert in den Spalten 32-41.
  676.  
  677. "ENDE=" legt die Endmarkierung im entsprechenden Datenfile fest.
  678.  
  679. //ENDE=/*
  680.  
  681. Es  können  Kommentarzeilen eingefügt werden.  Diese  müssen  mit 
  682. "//*" beginnen.  Das Definitionsfile selber muß mit "//"  beendet 
  683. werden.
  684.  
  685. Ein vollständiges Beispiel:
  686.  
  687. //*--------------------------------------------------------------
  688. //*               Definition eines Testfiles
  689. //*-------------------------------------------------------------- 
  690. //FILE=MND                                               
  691. //NAME=1                                            
  692. //DATA= SS  XXXXXXXXXX   YYYYYYYYYY   ZZZZZZZZZZ
  693. //ENDE=/*
  694. //
  695.  
  696. 3.1.2    Koordinaten Input durchführen
  697.  
  698. Dieser Punkt kann erst angewählt werden,  wenn die  entsprechende 
  699. Definition der Einlesevorschrift erfolgreich durchgeführt  worden 
  700. ist.  Die  eingelesenen  Daten können  anschließend  wie  gewohnt 
  701. weiterverwendet werden.
  702.  
  703. 3.1.3    MOPAC-Daten laden
  704.  
  705. Für die Daten aus einer solchen Rechnung liegt eine entsprechende 
  706. Definitionsfile  unter "MOPAC.DKI" auf Diskette  vor.  Soll  eine 
  707. Datei mit Atomkoordinaten aus einer MNDO-Rechnung geladen werden, 
  708. so muß diese Datei folgenden Aufbau haben:
  709.  
  710.  Zeile 1      Spalte 1-80:   Name des Moleküls (Kommentar)
  711.  
  712.  Zeile 2-n    Symbol und Koordinaten des Atoms, wobei gilt:
  713.  
  714.               Spalte 16-17:  Atomsymbol oder Ordnungszahl bis 20
  715.               Spalte 21-30:  X-Koordinate
  716.               Spalte 31-40:  Y-Koordinate
  717.               Spalte 41-50:  Z-Koordinate
  718.  
  719.  Zeile n+1    Spalte 1-2:    /* 
  720.  
  721. Das  Format der Zeilen 2 bis n entspricht dem  Ausgabeformat  des 
  722. MOPAC-Programms in der Version 2.00.  Die Zeilen 1 bzw.  n+1 sind 
  723. vorher "von Hand" zu ergänzen.
  724.  
  725. 3.2      Z-Matrix Input/Output
  726.  
  727. Eine  mit  diesem  Programm erstellte Z-Matrix kann  in  der  Art 
  728. abgespeichert werden,  die von einem anderem Programm wieder  als 
  729. Eingabe-File gelesen werden kann. 
  730.  
  731. 3.2.1    Definition des Inputs/Outputs
  732.  
  733. Im  wesentlichen gelten die unter "Koordinaten  Input"  gemachten 
  734. Aussagen  entsprechend  für den Input/Output  der  Z-Matrix.  Die 
  735. Datei,  die  die Ausgabevorschrift enthält,  sollte  unter  einem 
  736. Dateinamen  mit  der  Endung  ".DZO"  (für  "Definition  Z-Matrix 
  737. Output")  bzw.  ".DZI"  (für  den  Input)  abgespeichert  werden. 
  738. Folgende  Schlüsselworte sind bekannt:
  739.  
  740.    FILE=     NAME=     DATA=     ENDE=
  741.  
  742. "FILE=" legt den Extender für den Dateinamen für die  Ein/Ausgabe 
  743. fest. Z.B.:
  744.  
  745. //FILE=MNX
  746.  
  747. "NAME="   legt  fest,   ob  der  Name  des  Moleküls  mit   gela-
  748. den/abgespeichert werden soll. Z.B.
  749.  
  750. //NAME=0
  751. //NAME=1
  752.  
  753. "DATA=" legt fest,  in welcher Reihenfolge und in welchem  Format 
  754. die Daten geladen/abgespeichert werden sollen. Dabei haben die zu 
  755. verwendenden Buchstaben folgende Bedeutung:
  756.  
  757. S = Atomnummer (Ordnungszahl)
  758. L = Abstand vom Atom (Bindungslänge)
  759. W = Winkel, den drei Atome bilden
  760. F = Flächenwinkel (Diederwinkel)
  761. A = NA
  762. B = NB
  763. C = NC
  764.  
  765. Ein mögliches Beispiel:
  766.  
  767. //DATA=SSS LLLLL.LLLLL 0 WWWWW.WWWWW 0 FFFFF.FFFFF 0 AAABBBCCC
  768.  
  769. Der  Dezimalpunkt wird bei der Ausgabe der Werte für L,  W und  F 
  770. mit berücksichtigt. Alle anderen Zeichen als die genannten sieben 
  771. werden unverändert wieder mit ausgegeben.  Die Null nach L, W und 
  772. F  signalisiert z.B.  einen nicht zu optimierenden Wert  für  die 
  773. MNDO-Rechnung.
  774.  
  775. "//ENDE="  legt die Datenendmarkierung beim Laden  fest  bzw.  ob 
  776. eine Marlierung beim Speichern ausgegeben werden soll.
  777.  
  778. 3.2.2    Input/Output durchführen
  779.  
  780. Dieser Punkt kann erst angewählt werden,  wenn die  entsprechende 
  781. Definition  der  Vorschrift erfolgreich durchgeführt  worden  ist 
  782. bzw. wenn für die Ausgabe eine Z-Matrix vorhanden ist.
  783.  
  784. 3.2.3    Input/Output der Z-Matrix für MOPAC
  785.  
  786. Für die Eingabe bzw.  Ausgabe der Matrix für eine solche Rechnung 
  787. liegt eine entsprechende Definitionsfile unter "MOPAC.DZO"   bzw. 
  788. "MOPAC.DZI" auf Diskette vor. Da die Eingabe bei MOPAC formatfrei 
  789. erfolgt,   stellen  die  vorhandenen  Files  lediglich   mögliche 
  790. Beispiele dar.
  791.  
  792. 3.3      Daten in kartesische Koordinaten umwandeln
  793.  
  794. Um auch Daten aus Röntgenstrukturanalysen verarbeiten zu  können, 
  795. besteht die Möglichkeit,  solche Daten umzuwandeln. Dazu sind die 
  796. Koordinaten wie gewohnt einzugeben. Nach Anwahl dieses Menuepunk-
  797. tes  können  die  spezifischen  Zellparameter  (Kantenlängen  und 
  798. Winkel) definiert werden.  Außerdem besteht die Möglichkeit,  das 
  799. Atom  zu bestimmen,  welches im Koordinatenursprung liegen  soll. 
  800. Die Umwandlungsroutine stammt von Reinhold Störmann.
  801.   
  802. 3.4       Molekül-Editor laden und starten
  803.  
  804. Dieser Punkt ist noch nicht implementiert,  da der  Moleküleditor 
  805. noch nicht verfügbar ist.
  806.  
  807. 4        Grafik
  808.  
  809. 4.1      Berechnen
  810.  
  811. Durch diesen Menuepunkt erhält man eine weitere Menueleiste.  Die 
  812. Beschreibung dieser Funktionen findet man unter "Menue 2"
  813.  
  814. 4.2      Zeigen
  815.  
  816. Zeigt die letzte unter Berechnen angezeigte oder zuletzt geladene 
  817. Grafik.
  818.  
  819. 4.3      Invertieren
  820.  
  821. Invertiert  die  letzte unter Berechnen angezeigte  oder  zuletzt 
  822. geladene  Grafik.
  823.  
  824. 4.4      Hardcopy
  825.  
  826. Erzeugt eine Hardcopy der zuletzt angezeigten Grafik.  Dazu  wird 
  827. die  Hardcopyroutine des Betriebsystems benutzt,  die  allerdings 
  828. 24-Nadel-Drucker (NEC P6 u.ä.)  nur ungenügend  unterstützt.  Bei 
  829. Verwendung  eines solchen Druckers muß vorher ein  entsprechender 
  830. Druckertreiber  geladen  werden.  Die  Hardcopy  muß  dann  durch 
  831. Drücken  der Tastenkombination "ALTERNATE" + "HELP" erzeugt  wer-
  832. den.
  833.  
  834. 4.5      Bildformat festlegen
  835.  
  836. Legt fest, in welchem Format eine Grafik gespeichert werden soll. 
  837. Zur  Auswahl stehen das Format ohne  jegliche  Farbinformationen, 
  838. DEGAS und DOODLE. 
  839.  
  840. 4.6      Laden
  841.  
  842. Lädt eine zuvor abgespeicherte Grafik wieder ein. 
  843.  
  844. 4.7      Speichern
  845.  
  846. Speichert  die  letzte  unter  Berechnen  angezeigte  Grafik  als 
  847. Gesamtgrafikbildschirm ab.  Die Bilder können mit  entsprechenden 
  848. Grafikprogrammen  wieder geladen und weiterbearbeitet werden. Bei 
  849. Grafiken  mittlerer  Auflösung werden  die  Farbinformationen  im 
  850. DEGAS-Format mit abgespeichert. Eine Weiterbearbeitung von Grafi-
  851. ken ohne Farbinformationen ist z.  B.  mit "PAINTER.ST" von  Data 
  852. Becker oder mit "DOODLE" möglich.
  853.  
  854. 4.8      Parameter drucken
  855.  
  856. Die  unter dem Punkt "Grafik Berechnen"  eingestellten  Parameter 
  857. können  zu Dokumentationszwecken unter diesem Menue-Punkt  ausge-
  858. druckt werden.
  859.  
  860. 4.9      Hintergrund laden
  861.  
  862. Der  geladene Hintergrund wird bei der Berechnung der Grafik  als 
  863. Hintergrund benutzt.  Man kann dies ausnutzen,  wenn man z.B. ein 
  864. bereits dargestelltes Molekül mit einem anderen vergleichen  will 
  865. oder  wenn man bei der Darstellung von "Kugeln" (s.u.)  ebenfalls 
  866. einen schwarzen Hintergrund benutzen will.  Als Qualifier für den 
  867. Suchpfad ist ".PI1" bzw. ".PI2" voreingestellt.
  868.  
  869. 4.10     Hintergrund löschen
  870.  
  871. Ein  zuvor  geladener  Hintergrund wird  gelöscht  und  wird  bei 
  872. weiteren Berechnungen der Grafik nicht weiter verwendet.
  873.  
  874. 5        Farben
  875.  
  876. Dieser  Menue-Punkt  kann nur bei mittlerer  Auflösung  angewählt 
  877. werden.
  878.  
  879. 5.1      RGB-Werte einstellen
  880.  
  881. Über  diesen Menue-Punkt können die Farbwerte für  die  Rot/Grün-
  882. Darstellung  an eine vorhandene Rot/Grün-Brille angepaßt  werden. 
  883. Dazu  wird - sofern vorhanden - die  3D-Darstellung  "FARBEN.DAT" 
  884. geladen. Die Rot-, Grün- und Blauanteile können variiert werden.
  885.  
  886. 5.2      RGB-Werte laden/speichern
  887.  
  888. Eingestellte  RGB-Werte können wieder  geladen  bzw.  gespeichert 
  889. werden.
  890.  
  891. 6.       Extras
  892.  
  893. 6.1      Datei löschen
  894.  
  895. Nicht  mehr  benötigte  Dateien können  unter  diesem  Menuepunkt 
  896. gelöscht werden.  Dies kann manchmal nötig sein, wenn der auf der 
  897. Diskette  noch vorhandene freie Platz zum Abspeichern  der  Daten 
  898. nicht  mehr ausreicht.  Das Formatieren einer neuen Diskette  ist 
  899. aus  dem  Programm  heraus  nicht  möglich  (außer  man  hat  ein 
  900. Accessory, mit dem dies möglich ist, mitgebootet)!
  901.  
  902. 6.2      Neuen Ordner anlegen
  903.  
  904. 6.3      ASCII Datei anzeigen
  905.  
  906. Dieser Menuepunkt ermöglicht es, den Inhalt einer ASCII-Datei auf 
  907. dem  Bildschirm aufzulisten.  Der Listvorgang kann durch  drücken 
  908. von "Q" vorzeitig beendet werden.
  909.  
  910. 6.4      Uhrzeit/Datum anzeigen
  911.  
  912. Wenn  die Anzeige von Datum und Uhrzeit eine  bereits  vorhandene 
  913. mitlaufende  Uhr stört,  kann sie hiermit aus und  wieder  einge-
  914. schaltet werden.
  915.  
  916. 6.5      Uhrzeit/Datum einstellen
  917.  
  918. Da  beim Abspeichern von Daten auch immer Datum und  Uhrzeit  mit 
  919. abgespeichert werden, ist es sinnvoll, das aktuelle Datum und die 
  920. Uhrzeit einzustellen,  sofern die interne Uhr nicht sowieso schon 
  921. gepuffert ist.
  922.  
  923. 6.6      Bildschirm restaurieren
  924.  
  925. Sollte einmal nach Verlassen eines Accessories ein weisser  Fleck 
  926. auf  dem Bildschirm zurückbleiben,  so kann die alte  Bildschirm-
  927. maske  durch  Anwählen dieses Punktes  wiederhergestellt  werden. 
  928. Diese Funktion wirkt sowohl auf Menue 1 als auch auf Menue 2.
  929.  
  930. 7        Menue 2 / Grafik Berechnen
  931.  
  932. Man  erhält eine neue Menue-Zeile,  unter der alle Parameter  für 
  933. die  Darstellung des Moleküls festgelegt  werden  können.  Dieser 
  934. Menuepunkt kann erst angewählt werden, wenn Koordinaten vorhanden 
  935. sind (laden oder eingeben oder über die Z-Matrix  berechnen).  Es 
  936. erscheint dann ein Feld für die Ausgabe der Grafik (ca.  2/3  des 
  937. Bildschirms)  und  ein Feld,  über  das  verschiedene  numerische 
  938. Parameter eingestellt werden können.
  939.  
  940. 7.1     Parameterdialogbox
  941.  
  942. 7.1.1   Rotation
  943.  
  944. 7.1.1.1 Rotation um Ursprungs-/aktuelle Achse
  945.  
  946. Bei  der Rotation um die Ursprungsachsen wird das Molekül um  die 
  947. X,  Y oder Z-Achse gedreht.  Diese Achsen liegen horizontal  bzw. 
  948. vertikal  im Beobachtungsraum.  Bei der Rotation um die  aktuelle 
  949. Achse  wird die gewählte Verdrehung der X-  bzw.  Y-Achse  (siehe 
  950. unten)  berücksichtigt.  Als  Default  ist die  Rotation  um  die 
  951. Ursprungsachse voreingestellt. 
  952.  
  953. 7.1.1.2 Rotation um die X, Y oder Z-Achse
  954.  
  955. Legt  fest,  um  welche  der drei  Achsen  gedreht  werden  soll. 
  956. Default: X-Achse.
  957.  
  958. 7.1.2   Projektion
  959.  
  960. Bei  senkrechter  Projektion wird das Molekül  ohne  Verzerrungen 
  961. dargestellt.  Bei perspektivischer Projektion werden Objekte nahe 
  962. am  Betrachter  stärker verzerrt  dargestellt  als  Objekte,  die 
  963. weiter entfernt sind (vergl.  Abstand).  Default: senkrechte Pro-
  964. jektion.
  965.  
  966. 7.1.3   Radius
  967.  
  968. Legt  fest,  ob  und  welcher Radius am  Endpunkt  einer  Bindung 
  969. dargestellt werden soll  (nur bei senkrechter Projektion). Werden 
  970. die  Radien dargestellt,  sollte man vorher "BINDUNGEN  ZEICHNEN" 
  971. desaktivieren. Default: kein Radius.
  972.  
  973. 7.1.3.1 Stick and Ball
  974.  
  975. Stellt das Molekül in Form von Kreisen mit einem Radius von  etwa 
  976. 1/3 des Atomradius dar.  Die Bindungen werden dreimal stärker als 
  977. gewöhnlich gezeichnet.
  978.  
  979. 7.1.3.2 Kugeln
  980.  
  981. Stellt   das  Molekül  in  Form  von  "glänzenden  Kugeln"   oder 
  982. "gepunkteten Kugeln" dar. Bei der ersten Darstellungsart wird ein 
  983. weisser Hintergrund benutzt,  um bei einer Hardcopy das  Farbband 
  984. des  Druckers  nicht zu sehr zu belasten.  Soll das  Molekül  auf 
  985. schwarzem  Hintergrund dargestellt werden,  so muß dieser  vorher 
  986. geladen werden (s. o.).
  987.  
  988. 7.1.4   Zeichne
  989.  
  990. 7.1.4.1 Bindungen
  991.  
  992. Legt fest,  ob die Bindungen mit eingezeichnet werden sollen oder 
  993. nicht.  Default: einzeichnen, sofern eine Bindungsliste vorhanden 
  994. ist.
  995.  
  996. 7.1.4.2 Achsen
  997.  
  998. Legt fest, ob die Achsen des Koordinatensystems mit eingezeichnet 
  999. werden sollen oder nicht. Default: nicht einzeichnen.
  1000.  
  1001. 7.1.4.3 Atomsymbol
  1002.  
  1003. Legt fest,  ob das Atomsymbol mit ausgegeben werden soll (nur bei 
  1004. senkrechter  Projektion,  nur wenn Radien nicht dargestellt  wer-
  1005. den!). Default: kein Atomsymbol.
  1006.  
  1007. 7.1.4.4 Atomnummer
  1008.  
  1009. Gibt  die Nummer des Atoms gemäß der Eingabetabelle aus (nur  bei 
  1010. senkrechter  Projektion,  nur wenn Radien nicht dargestellt  wer-
  1011. den). Default: keine Atomnummer.
  1012.  
  1013. 7.1.5   Bilder
  1014.  
  1015. 7.1.5.1 Einzelbild/Bildfolge
  1016.  
  1017. Bei  "Einzelbild"  wird  nur ein  Molekül  dargestellt.  Bei  der 
  1018. Bildfolge  wird  das Molekül um die  durch  Rotation  festgelegte 
  1019. Achse  gedreht  (vergl.  auch  Anzahl  der  Bilder  und  Winkel). 
  1020. Default: Einzelbild.
  1021.  
  1022. 7.1.5.2 Bildgröße
  1023.  
  1024. Mit  1/1 Bild wird die gesamte zur Verfügung stehende Fläche  für 
  1025. die  Darstellung  benutzt.  Bei 4/4 Bildern  werden  vier  Bilder 
  1026. erzeugt,  die um jeweils 90 Grad in X-,  in Y- bzw.  in X- und Y-
  1027. Richtung gegeneinander verdreht sind. Default: 1/1 Bild.
  1028.  
  1029. 7.1.5.3 Farbiges Stereobild
  1030.  
  1031. Dieser  Menue-Punkt  kann nur bei mittlerer  Auflösung  angewählt 
  1032. werden.  Es werden zwei Bilder gezeichnet, die um den unter Punkt 
  1033. 7.3.7 festgelegten  Winkel gegeneinander versetzt sind. Mit Hilfe 
  1034. einer  Rot/Grün-Brille  erhält  man  eine  räumliche  Darstellung 
  1035. (gegebenenfalls  RGB-Anteile an die vorhandene  Brille  anpassen, 
  1036. siehe  5.1!).  Stereobilder werden immer nur im   1/1  Bild-Modus  
  1037. dargestellt.  Es sollte auf die Darstellung der Radien verzichtet 
  1038. werden.
  1039.  
  1040. 7.1.6   Maßstab
  1041.  
  1042. Legt fest,  ob die Größe der Darstellung automatisch oder manuell 
  1043. bestimmt werden soll. Default: automatisch.
  1044.  
  1045. 7.1.7   Modus
  1046.  
  1047. Legt fest,  ob das Molekül um die Achse rotieren soll, oder ob in 
  1048. der Z-Matrix markierte Winkel inkrementiert werden sollen.
  1049.  
  1050. 7.2     Ausschnitt speichern
  1051.  
  1052. Dieser  Punkt  dient zum Speichern eines  Ausschnitts  aus  einem 
  1053. Molekül.  Die  erzeugte Grafik sollte im selben  Ordner  abgelegt 
  1054. werden,  in dem sich auch die zugehörige Z-Matrix befindet.  Wird 
  1055. unter  "Z-Matrix  mischen" eine Z-Matrix  geladen,  so  wird  die 
  1056. zugehörige Grafik mit angezeigt. Man sollte den Grafikaussschnitt 
  1057. so wählen,  daß die ersten Atome des Moleküls mit enthalten sind. 
  1058. Ausserdem  sollten  nur Bindungen mit Atomsymbol  und  Atomnummer    
  1059. (s.  u.) dargestellt und gespeichert werden.  Anhand der Atomnum-
  1060. mern  kann man sich dann beim Mischen der Matrix bei  der  Angabe 
  1061. der Verknüpfungsparameter orientieren.
  1062. Die (monochromen) gespeicherten Ausschnitte können mit "MONO-STAR 
  1063. (plus)" als Objekte wieder geladen werden. 
  1064.  
  1065. 7.3     Einstellung der numerischen Parameter
  1066.  
  1067. Die  numerischen  Werte können durch  Anklicken  des  zugehörigen 
  1068. Pfeils nach links verringert,  durch den Pfeil nach rechts erhöht 
  1069. werden.  Drückt  man  dabei  die  linke  Maustaste,  erfolgt  die 
  1070. Änderung  in  Einer-Schritten.  Drückt  man  dagegen  die  rechte 
  1071. Maustaste, erfolgt die Änderung in Zehner-Schritten.
  1072.  
  1073. 7.3.1   Bilder
  1074.  
  1075. Gibt die Anzahl der Bilder an,  die bei einer Bildfolge berechnet 
  1076. werden  sollen.  Der  Maximalwert ist  abhängig  vom  vorhandenen 
  1077. freien Speicher.  Die Anzahl der Bilder bestimmt den  Drehwinkel. 
  1078. Der  Defaultwert  entspricht dem  Maximalwert,  sofern  er  nicht 
  1079. größer als 35 ist.
  1080.  
  1081. 7.3.2   Drehwinkel
  1082.  
  1083. Gibt  an,  um  wieviel  Grad  das  Molekül  bei  einer  Bildfolge 
  1084. weitergedreht wird.  Der Minimalwert ist abhängig vom vorhandenen 
  1085. freien Speicher.  Der Drehwinkel bestimmt die Anzahl der  Bilder. 
  1086. Der  Defaultwert  entspricht  dem  kleinstmöglichen   Drehwinkel, 
  1087. sofern er nicht kleiner als 10 Grad ist.
  1088.  
  1089. 7.3.3   Drehung um X/Y
  1090.  
  1091. Legt  fest,  um wieviel Grad das Molekül im Raum  gedreht  darge-
  1092. stellt werden soll. Defaultwert jeweils 0.
  1093.  
  1094. 7.3.4   Verschiebung in X/Y
  1095.  
  1096. Legt fest, um wieviel Pixel das Molekül in der gewählten Richtung 
  1097. verschoben werden soll.
  1098.  
  1099. 7.3.5   Atom in Koordinatenursprung
  1100.  
  1101. Legt fest, welches Atom im Koordinatenursprung liegen soll.
  1102.  
  1103. 7.3.6   Größe in Pixeln
  1104.  
  1105. Legt die halbe Größe der Grafik in Pixeln fest.  Wirkt auch, wenn 
  1106. der Maßstab automatisch berechnet wird. Defaultwert ist 150.
  1107.  
  1108. 7.3.7   Abstand
  1109.  
  1110. Bestimmt den Abstand des Betrachters vom Objekt (nur bei perspek-
  1111. tivischer Projektion). Defaultwert ist 16.
  1112.  
  1113. 7.3.8   Einheit
  1114.  
  1115. Legt  fest,  wie viele Pixel einer Einheit  im  Koordinatensystem 
  1116. entsprechen. Eine Änderung dieses Wertes wirkt sich nur aus, wenn 
  1117. die Bestimmung des Maßstabs manuell erfolgt. Defaultwert ist 40.
  1118.  
  1119. 7.3.9   Stereobild Differenz
  1120.  
  1121. Legt fest, um wieviel Grad sich die beiden Stereobilder voneinan-
  1122. der unterscheiden.  Die Angabe erfolgt in 1/10 Grad. Defaultwert: 
  1123. 25 entsprechend 2.5 Grad.
  1124.  
  1125. 7.3.10  Zeige Bild
  1126.  
  1127. Ermöglicht  das bildweise Weiterschalten  der  Bildfolge,  sofern 
  1128. zuvor eine Bildfolge berechnet worden ist.
  1129.  
  1130. 7.3.11  Geschwindigkeit
  1131.  
  1132. Verändert  die  Drehgeschwingkeit eines Moleküls in  einer  Bild-
  1133. folge. Defaultwert ist 16 (Maximum).
  1134.  
  1135. 7.3.12  Start
  1136.  
  1137. Startet  die  Berechnung des Moleküls  bzw.  zeigt  eine  bereits 
  1138. berechnete  Bildfolge.  Alle Vorgänge wie Berechnen  oder  Zeigen 
  1139. können durch Drücken der rechten Maustaste beendet werden.
  1140.  
  1141. 7.3.13  Zum Menue
  1142.  
  1143. Kehrt zum Hauptmenue zurück.
  1144.  
  1145.  
  1146. 8       Fehler im Programm
  1147.  
  1148. Folgender Fehler ist bekannt,  konnte aber bisher nicht beseitigt 
  1149. werden:
  1150.  
  1151. Klickt  man  Accessories  an,  so  hinterlassen  diese  nach  dem 
  1152. Schließen i.A.  einen weissen Fleck auf dem Bildschirm.  Abhilfe: 
  1153. Menuepunkt "Bildschirm restaurieren" anklicken.
  1154.  
  1155. Sollte das Programm nicht einwandfrei arbeiten, so achten Sie auf 
  1156. folgende Punkte:
  1157.  
  1158. - nur unbedingt notwendige Accessories mitbooten!
  1159.  
  1160. - beim MEGA ST nur solche RAM-Disks verwenden,  die auch wirklich 
  1161. die eingestellte Größe anmelden und verwalten können! Einige RAM-
  1162. Disks rufen höchst seltsame Effekte hervor,  wenn sie z.B.  auf 2 
  1163. MB eingerichtet worden sind! 
  1164.